Comme toute pratique professionnelle, la naturopathie est encadrée par des règles claires, connues et acceptées de tous. Les principes de bonnes pratiques de la profession sont dictés dans le code de déontologie et dans la charte du naturopathe.
Le naturopathe ne se substitue en aucun cas au médecin mais il peut toutefois collaborer avec ce dernier. Aussi, il est également important de comprendre que
les notions d'urgences, de traitement, de diagnostic ou encore de prescription ne relèvent pas de la naturopathie.
Les informations communiquées par le naturopathe ne représentent ni une incitation à quitter la médecine conventionnelle, ni une incitation à arrêter un traitement médical.
La fiche de conseils donnée à l'issue d'une consultation n'est pas une ordonnance, il n'est fait aucun diagnostic.
Elle ne remplace donc pas un traitement prescrit par le médecin conventionnel. Aussi, les produits éventuellement conseillés sont des compléments alimentaires et non des médicaments. De ce fait, ils ne peuvent ni les remplacer ni être remboursés par la Sécurité Sociale.
Comme pour toutes les autres professions de santé, le naturopathe est tenu au « secret professionnel », ainsi les informations enregistrées par lui ne pourront pas être divulguées, y compris à la famille ou à des tiers.
Enfin, le naturopathe fait preuve d'humilité dans l'exercice de ses fonctions. Il connait ses limites et compétences et saura, si besoin, orienter son client vers la forme de médecine la plus adaptée à sa situation.